Академическая структура Европейского гуманитарного университета включает два департамента — Социальных наук и Гуманитарных наук и искусств — а также две самостоятельные программы: бакалаврскую программу «Информатика», реализуемую Школой цифровых компетенций, и программу «Бизнес-экономика».